陈长水;刘少飞
网络基序(network motif),是从生物网络中分解得到的最小研究单位,是构成生物网络的“砖块”,是系统生物学中最简单的研究对象。网络基序存在于各种生物网络中,具有信息处理的功能,通过理论和实验分析发现网络基序有重要的动力学功能。本文总结了网络基序的类型和功能研究方面的工作,包括转录网络中的基序(自我调节或者是反馈(负反馈(NAR)和正反馈(PAR)),正反馈环(FFL),单输入基序(SIM),多级输入基序(MIMs),链式调节子基序(Regulator Chain Motifs),多组分环基序(Multi-component Loop),桥基序和砖基序(Bridge and Brick motif)),信号转导网络中的基序和神经基序(神经元连接的样式),以及发掘和分析基序的数据库和工具。总结了基序的电路视角、进化以及对基序的反对意见,在应用方面,网络基序可能对合成生物学有重要的作用,最后对基序的研究工作提出了建议。网络基序可能是系统生物学的生物网络分析的初级形式,它为模块的分析和合成生物学提供了理论和实验的范本,网络基序需要用更多的网络,更多的在体实验分析,它的进一步发展可能会给生物网络理论带来重大的定则(principle)发现。