比较内分泌学是研究动物界各个动物类群内分泌系统结构与功能以及进化发展的一门新兴动物学分支学科，具有重大理论意义和应用价值。在理论方面，比较内分泌学不但以系统进化的观点研究各种动物类群产生的激素结构和功能及进化演变，进一步验证和深刻认识动物界由低等到高等对环境条件适应的发展历程和演变规律，还以生物多样性的观点研究不同动物类群激素结构与功能的复杂多样性，有助于深入掌握各种不同激素结构与功能的基本特征与变化规律。在应用方面，通过比较内分泌学研究可以发现许多有经济价值的激素，应用于农业、林业、畜牧业、水产养殖业、动物资源保护与开发利用以及医药卫生保健事业。